Historia krakowskiego Podgórza sięga prawdopodobnie VII wieku. Zgodnie z badaniami wtedy zaczęło rozwijać się osadnictwo na tych terenach. Istniały tam między innymi takie osady jak Zabłocie czy Płaszów, które jednak zostały zniszczone podczas najazdu Szwedów w 1655 roku.
Natomiast stworzenie miasta Podgórze nastąpiło po I rozbiorze Polski, po którym Austria miała przejąc m.in. Kazimierz. Natomiast nie utrzymali go ze względu na protesty ludności i powstał projekt stworzenia nowego centrum na polskich terenach zajętych przez Austriaków. Uważali oni, że potrzebne jest odpowiednie centrum, które miało też stać się siedzibą garnizonu. W ten sposób sam Kraków miał być mocniej trzymany w ryzach. Rzeczywiście nowo utworzone miasto szybko i sprawnie się rozwijało, a w 1784 roku otrzymało przywileje wolnego miasta królewskiego, które nadał mu Józef II. Natomiast w 1809 roku Podgórze, podobnie jak Kraków i Wieliczka, zostały włączone do utworzonego przez Napoleona Księstwa Warszawskiego. Niedługo potem Podgórze stało się IV dzielnicą Krakowa, jednak zachowało własną administrację. Jednak już trzy lata później w 1813 roku Kraków wraz z Podgórzem zostały zajęte przez wojska rosyjskie, a okupacja trwała do obrad kongresu wiedeńskiego. W wyniku jego postanowień Podgórze znów stało się samodzielnym miastem, które otrzymała Austria. Kiedy w 1846 roku wybuchło powstanie krakowskie Austria zaanektowała Podgórze. Podczas kolejnego powstania – styczniowego w 1863 roku mieszkańcy miasta narażali się na represję organizując zaplecze zaopatrzeniowe dla walczących w powstaniu. Istotnym śladem zaboru austriackiego jest Twierdza Kraków. Fortyfikacje wybudowane w Podgórzu to między innymi imponujący fort wieżowy 31 „Benedykt”.
Ostateczne przyłączenie Podgórza do Krakowa nastąpiło w 1915. Było to korzystne z punku widzenia rozbudowy oraz rozwoju dla obu miast, chociaż Podgórze było wówczas w stanie rozkwitu, więc stosunek do przyłączenia nie był jednoznaczny. W końcu jednak nastąpiło całkowite scalenie. Niestety II wojna światowa przyniosła kolejne burzliwe i tragiczne wydarzenia. Na terenie Podgórza powstało getto żydowskie. Na jego pamiątkę ówczesny Plac Zgody nazywa się obecnie Placem Bohaterów Getta. Wiele osób żydowskiego pochodzenia, które zostały zgromadzone w getcie trafiło do obozu koncentracyjnego Plaszów. Po wojnie Podgórze nigdy nie odzyskało już dawnej świetności. W 1991 roku zostało podzielone, zgodnie z reformą obejmującą cały Kraków, na mniejsze dzielnice samorządowe.